臺南場轄區為全臺幅員最大者，負責雲嘉南地區農作物品種及栽培技術改良、植物保護與土壤肥料試驗研究、農業機械自動化研發、農業推廣教育與技術諮詢等工作，並推動活化休耕農地，因應市場需求與氣候變遷，加強休耕之作物研發，望種植具外銷潛力作物或發展為地區特色產品。
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